系统安装完成后，需要进行注册。注册的过程是通过纳税人识别号从税务系统获取相应的企业信息，保存到本地扣缴端的过程。

具体流程为点击安装完成界面上的【立即体验】（或点击桌面“自然人电子税务局扣缴端”快捷方式），进入版本确认界面。版本默认选项为“扣缴单位版”，如果使用的是办税大厅自助终端上部署的扣缴端，则选择“办税大厅版”。

选择版本后，即进入注册流程。注册共有四步：

第一步：录入地区、单位信息；

第二步：获取办税信息；

第三步：备案办税人员信息；

第四步：设置数据自动备份。